开发一个物流同城配送小程序系统需要经过以下步骤：

1. 需求分析：首先，需要明确小程序的目标用户、核心功能和预算。常见的功能包括用户注册登录、寄件、收件、订单管理、支付、骑手接单、定位跟踪等。

2. 设计阶段：根据需求分析结果进行ui/ux设计，包括小程序页面布局、界面元素、配色方案等，确保用户体验良好。

3. 技术选型：确定小程序开发的技术栈。对于微信小程序，可以使用微信小程序官方提供的开发框架和api；对于支付宝小程序，可以使用支付宝小程序的开发工具包。

4. 开发阶段：

   （1） 搭建开发环境：安装相应的ide（集成开发环境），例如微信开发者工具。

   （2） 前端开发：使用html、css、javascript以及小程序框架进行页面开发，实现用户界面和交互逻辑。

   （3） 后端开发：可以选择node.js、python、java、php等语言，结合数据库（如mysql、mongodb）进行服务器端的开发，实现数据处理和业务逻辑。

   （4） api开发：创建restful api或graphql api供前后端交互数据。

5. 测试阶段：进行系统测试，包括功能测试、性能测试、安全测试等，确保系统稳定运行并修复发现的问题。

6. 上线前准备：

   （1） 配置域名、服务器，确保https支持。

   （2） 申请小程序相关账号，完成认证。

   （3） 将小程序提交到微信、支付宝等平台审核。

7. 上线与推广：通过审核后，小程序即可上线。之后可以制定推广计划吸引用户下载使用。

8. 维护与迭代：根据用户反馈和市场变化，持续优化小程序的功能和体验。

在技术层面，以下是一些建议：

1. 使用云服务：考虑使用阿里云、腾讯云等云服务提供商来部署你的应用，这些服务提供了可靠的服务器、数据库服务和其他必要的后端服务。

2. 利用位置服务：同城配送服务中，实时定位和路径规划是关键，可以使用高德地图、腾讯地图等服务的api来实现。

3. 第三方支付：接入微信支付、支付宝支付等第三方支付服务，为用户提供便捷的支付方式。

4. 短信和推送通知服务：使用短信服务和小程序的模板消息推送服务来及时通知用户和配送人员订单状态的更新。

小程序系统开发是一个复杂的过程，涉及到多个环节和技术细节，需要的开发团队协作完成。同时，还需要遵守相关法律法规和平台规定，确保用户数据的安全性和隐私保护。